苏州医工所开发出一种新的酵母菌细胞明场图像分割算法

作者:admin 来源:未知 点击数: 发布时间:2019年08月11日

  酵母菌细胞因为其易培育和易操作性已成为一种在生物学界被普遍使用的模式生物。在遗传学研究中,对已发生基因突变的与人类遗传疾病相关的酵母进行表型研究,极大地提高了人类疾病的诊断和医治程度。然而,在研究中,研究人员凡是需要采集大量的酵母细胞图像,察看基因突变或分歧药物处置下的细胞布局和行为。比力常用的酵母细胞的形态阐发方式次要依赖于研究人员的手工丈量,不单耗时且具有个别差同性。因而,为了更精确地阐发酵母细胞的形态和细致布局,需要一种快速无效的酵母细胞图像主动朋分算法。

  近日,中国科学院姑苏生物医学工程与手艺研究所李辉课题组开辟了一种简单无效的酵母细胞明场图像的主动朋分算法。该方式起首主动检测离散的细胞轮廓点(种子),然后通过一种快速不变的边缘跟踪算法将其毗连起来。在稀少分布的酵母细胞图像中,几乎所有视场内的细胞都能够被准确朋分。在稠密分布的图像中,形态较一般的细胞也能够完全被准确朋分,同时解除了大部门变形的细胞。这种明场图像朋分成果可进一步用于荧光图像的标识表记标帜。

  该算法可以或许降服酵母细胞图像中布景与细胞间的低对比度、细胞鸿沟不持续以及环细胞伪影等问题,避免了常见的过度割和欠朋分现象,快速切确地朋分图像中一般的酵母细胞。朋分成果将用于标识表记标帜其线粒体和微管的荧光图像,从而更为精确无效的阐发细胞体内线粒体和微管的特征。相关成果已颁发在Journal of Biomedical Optics上。

  Fig. 1初始细胞轮廓点检测

  Fig. 2初始细胞轮廓点筛选

  Fig. 3稀少分布的酵母细胞朋分成果

  Fig. 4稠密分布的酵母细胞朋分成果

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